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Nature Communications|徐骁教授团队与浙大范骁辉、陈华钧教授团队合作发表细胞间通讯SpaTalk新研究

发布时间:2022-08-03 浏览量:479次 来源:杭州市第一人民医院

2022年7月30日,浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院徐骁教授团队与浙江大学长三角智慧绿洲创新中心/药学院范骁辉教授团队以及浙江大学计算机学院陈华钧教授团队合作在国际权威专业期刊Nature Communications(IF: 17.69,中科院1区)在线发表题为“Knowledge-graph-based cell-cell communication inference for spatially resolved transcriptomic data with SpaTalk”的学术论文。该研究是医工信多学科交叉融合的典型代表,SpaTalk实现了空间单细胞分辨率下解析正常生理、病理过程中关键细胞间通讯的推断,为深入理解疾病发生发展和研发药物提供了新的研究策略和干预方法。

细胞间通讯,指的是一个细胞产生信号,通过介质传递到另一个细胞,进而调控靶细胞生物学效应的过程。精准识别细胞间通讯是理解疾病发生发展和研发干预药物的关键环节,已广泛受到学术界重视。近年来,随着空间转录组测序技术的快速发展,如何充分利用空间转录组数据推断细胞间通讯已成为该领域的研究热点与重要挑战。

相比于现有的其他方法,SpaTalk首次在单细胞水平实现了细胞间配受体互作对的比较和可视化,应用案例也进一步表明SpaTalk在空间单细胞分辨率下解析正常生理、病理过程中关键细胞间通讯的独特优势。该研究通过知识图谱、非负线性回归、随机游走等人工智能算法创新性提出了一种基于空间转录组测序数据的细胞间通讯推断方法SpaTalk,并系统性构建数据分析软件包https://github.com/ZJUFanLab/SpaTalk),见图1。

图1. SpaTalk工作流程、算法原理及可视化

该论文的第一作者为浙大杭州市一医院博士后邵鑫,主要从事单细胞组学、细胞间通讯和临床肝移植项目的研究。范骁辉教授、徐骁教授、陈华钧教授为通讯作者。该研究受到国家自然科学基金、国家重点研发计划和浙江省自然科学基金等项目资助,并得到阿里云技术支持。

原文链接:

https://doi.org/10.1038/s41467-022-32111-8








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